Desde 2019 la Asociación de Canalistas, organización que se encarga de dirigir la gestión del canal, ha presentado un conjunto de proyectos de entubamiento de diversos tramos del canal para bonificación a través de la Ley 18.450 sobre Fomento a la Inversión Privada en Obras de Riego y Drenaje. Dentro de los 10 proyectos de entubamiento, cuatro de ellos han generado gran conflictividad en la comunidad de la localidad de Boco, en la comuna de Quillota.

Con fecha 11 de enero de 2021, a través de un financiamiento estatal de $153 millones aprobado por la Comisión Nacional de Riego, las obras de entubamiento comenzaron en el sector rural de Boco Norte, con pleno desconocimiento de habitantes de la zona afectada. Tras la manifestación de la comunidad local y el campamento que realizó la agrupación socioambiental “Mujeres y Ríos libres” y la “Asamblea de Pueblos Originarios de Valparaíso” en febrero de 2022, se consiguió visibilizar la problemática del proyecto. Tras contacto con autoridades y reuniones con los encargados del proyecto, las labores se detuvieron en dos tramos de entubamiento.

La comunidad denunció que el proyecto se realizó con serias deficiencias técnicas, que no evaluó el consumo humano de agua para APR, que no consideró el impacto socioeconómico en pequeños agricultores que se servían del canal ni tampoco la correcta evacuación de aguas lluvias, ya que el canal, antes de ser entubado recibía descarga de agua de ocho quebradas. Según el informe técnico del Departamento de Medio Ambiente de la Municipalidad de Quillota, el entubamiento afectó flora nativa por descepado de árboles nativos como el Molle, (Schinus latifolius), Maitén (Maytenus boaria), Tevo (Retanilla trinervia) y Espino (Vachellia caven) transgrediendo, además, flora utilizada para el lawen (medicina ancestral) de comunidades mapuche residentes de la zona. Por tal motivo, el Departamento recomendó al titular enviar consulta de pertinencia al SEIA y solicitar los debidos planes de manejo a Conaf.

La comunidad interpuso tres recursos de protección (R-10.810-2022; R-10.811-2022; R-10.973-2022) ante la Corte de Apelaciones de Valparaíso reclamando afectaciones al derecho a la vida, la igualdad ante la ley, la integridad personal y la propiedad privada. Durante la tramitación de uno de los referidos recursos, se acompañó al procedimiento un Amicus Curiae (documento que consiste en un informe en derecho), elaborado por Fundación BIOREDES, en que se invoca fundadamente la vulneración del Derecho a Vivir en un Medio Ambiente Libre de Contaminación,  incorporando argumentos propios de Derecho Ambiental no esgrimidos hasta el momento en el mencionado recurso de protección. La Corte falló en contra de ese recurso, sin embargo, posteriormente, fue acogido por la Corte Suprema (R-22.467-2022), ordenando el ingreso del proyecto al Sistema de Evaluación de Impacto Ambiental por medio de Estudio de Impacto Ambiental. La Corte Suprema estimó vulnerado el Derecho a Vivir en un Medio Ambiente Libre de Contaminación y argumentó que “dados los significativos efectos adversos que se vislumbra podría tener el desarrollo de los proyectos a desarrollarse sobre el Canal Mauco, sobre la cantidad y calidad de los recursos naturales renovables, incluidos el suelo, agua y aire (…), se refuerza la necesidad del ingreso de los mismos al Sistema de Evaluación de Impacto Ambiental, por medio de un Estudio de Impacto Ambiental, según lo establecido en el artículo 11 letra b) de la Ley N° 19.300”. La Corte consideró que, cumpliéndose los presupuestos del artículo 294 del Código de Aguas, al tratarse de obras de entubamiento de un curso de agua de caudal de 2,4 metros cúbicos por segundo, corresponde que las obras ingresen al SEIA en virtud de lo dispuesto en el artículo 10 letra a) de la Ley N° 19.300.

En esta problemática, el daño a los acuíferos producto del entubamiento de los canales de regadío es uno de los efectos que requieren ser estudiados con la finalidad de prevenir el impacto ecosistémico, así como en el consumo de agua en aquellos lugares que se abastecen de agua subterránea. Se destaca que el agua subterránea es un recurso esencial para el abastecimiento y para todas las actividades socioeconómicas, especialmente en aquellas regiones más vulnerables al impacto del cambio climático y de las presiones antrópicas, como la contaminación y la sobreexplotación.

Asimismo, a partir de estudios se ha determinado que el agua que se origina en altitudes elevadas se transfiere rápidamente a los canales de riego localizados en la Depresión Central. La ausencia de una capa impermeable en los fondos de los canales promueve una infiltración permanente y enfocada y por tanto una recarga subterránea artificial. Los estudios sugieren que los canales de regadío actúan como un sistema que distribuye y reparte el agua desviada de los ríos por toda la cuenca del valle. Aunque este sistema modifica el caudal natural de los ríos, los canales, cuando no han sido entubados o revestidos, permiten aumentar la superficie de recarga focalizada. Dicho proceso da pie a una mayor tasa de recarga, a diferencia de la recarga difusa por lluvia. En definitiva, se trata de que la infiltración de los canales de regadío da pie a procesos de recarga artificial, y que en algunas cuencas más de la mitad de la recarga de los acuíferos aluviales proviene de dicho proceso.

Las investigaciones dan cuenta de que, en los últimos años, en Chile se ha optado por impermeabilizar los canales, por ejemplo, a través del entubamiento, con el fin de evitar las “pérdidas de agua”. Esto ha sido parte de la política de riego de la Comisión Nacional de Riego a través de subsidios a este tipo de proyectos. Sin embargo, esta medida puede disminuir la infiltración hasta un 95%, afectando notablemente la recarga de los acuíferos asociados. Si bien esta medida apunta a que los usuarios puedan aprovechar de manera eficiente sus derechos de agua superficiales, existen organizaciones de canalistas que piensan que el entubamiento o revestimiento de los canales es vital para enfrentar la escasez hídrica. No obstante, el impacto en los sistemas hidrogeológicos es muy alto, al no considerar la relación entre los sistemas subterráneos con las aguas superficiales. En consecuencia, los impactos se reflejarán principalmente en que los pozos de poca a mediana profundidad quedarán secos y en que habrá una disminución en el caudal de los ríos aguas abajo que se alimentan principalmente de agua.