El conflicto con la comunidad de Putaendo y autoridades municipales se inicia en octubre de 2008, cuando el alcalde de Putaendo denuncia al proyecto ante la Dirección Regional de Aguas, por intervenir y modificar el cauce del río Rocín, principal afluente del río Putaendo, por las obras de prospección ya iniciadas. La Dirección Regional de Aguas notifica a la empresa, con fecha 24 de marzo de 2009, y le entrega un plazo de 30 de días para devolver las aguas a su cauce normal.

Dichos sondajes fueron realizados a pesar de haber recibido una Resolución N°1343/2008 que calificó ambientalmente desfavorable el proyecto. El proponente interpuso un recurso de reclamación, con fecha 11 de diciembre de 2008, el cual fue rechazado por la Dirección Ejecutiva del SEA, con fecha 9 de diciembre de 2009. A pesar de haber obtenido una calificación desfavorable, la empresa continuó su operación de forma ilegal, realizando 82 plataformas de sondaje desde 2009 hasta 2017 que afectaron el cauce del rio Rocín y una diversidad relevante de fauna y flora nativa y endémica.

Desde 2015 hasta 2017, la comunidad de Putaendo ingresa formalmente varias denuncias a la SMA, las cuales suscitaron procedimientos de fiscalización y posterior sanción al titular.  Mediante resolución exenta Nº1 con fecha 17 de abril de 2017, la SMA inicia un procedimiento sancionatorio por infracción “gravísima” a causa de la intervención de hábitat de flora y fauna nativa y alteración de cursos de agua, acciones que involucraban tala ilegal de bosques de Frangel (Kageneckia angustifolia, Casi amenazada). Pese a los graves hechos, el titular presenta plan de cumplimiento del proceso sancionatorio con fecha 19 de mayo de 2017 que la SMA aprueba siete meses más tarde, suspendiendo el proceso sancionatorio en contra de la compañía. Este proceso se realizó a pesar de las observaciones ciudadanas y el rechazo por parte de la comunidad al plan de cumplimiento presentado por el proponente.

Con fecha 1 de junio de 2019, la minera ingresa una Declaración de Impacto Ambiental en el marco del cumplimiento del procedimiento sancionatorio, regularizando de forma retroactiva sus actividades desde 2008. Dentro del proceso de tramitación ambiental, la comunidad de Putaendo solicita abrir un proceso de participación ciudadana, el cual fue rechazado por la entonces directora regional del SEA y que fue cuestionado mediante un recurso de protección interpuesto por la organización “Putaendo Resiste”. El recurso fue acogido por la Corte de Apelaciones y Corte Suprema, abriendo un proceso histórico de participación dentro del marco de una DIA (Declaración de Impacto Ambiental).

El proceso de participación ciudadana tuvo más de 500 observaciones y, sin embargo, el titular recibió su Resolución de Calificación Ambiental favorable con fecha 13 de mayo de 2021. Esta aprobación recibió 7 recursos administrativos, solicitando invalidar la resolución y objetando la no respuesta a las observaciones ciudadanas. Todos los recursos presentados fueron rechazados por el SEA, lo que llevó a la organización “Vecinos en Movimiento por el Valle de Putaendo” a interponer recursos ante el Tribunal Ambiental. Con fecha 31 de enero de 2022, se interpone un recurso de reclamación (R-327-2022) respecto a la resolución del SEA con el proceso de participación ciudadana cuestionado. En este recurso se solicita una medida cautelar para suspender las faenas y dentro de los antecedentes figuraban las evidencias de la presencia de Gato Andino (Leopardus jacobita, En peligro) en la zona del proyecto, el cual fue acogido por el tribunal en marzo de 2022. El 17 de abril de 2022 se interpone una demanda por reparación de daño ambiental (Rol D-72-2022) que fue admitida y actualmente se encuentra en curso de investigación.

Sin embargo, el pasado 15 de junio de 2023 el Segundo Tribunal Ambiental autorizó a Minera Vizcachitas a retomar el proyecto de sondajes, considerando cumplidas las condiciones de protección y cuidado al medio ambiente inicialmente reclamadas por comunidades locales.