El humedal estuario “Los Molles” y el estero “Los Coiles”, se han visto perjudicados por la actividad inmobiliaria a causa del emplazamiento de dos proyectos circundantes a su desembocadura en orilla de playa. El primero de estos proyectos, llamado “Condominio Bordemar”, cuyo titular es “Inmobiliaria Tres Pinos S.A. Molles 3”, recibió permiso de edificación por parte de la Dirección de Obras de la Municipalidad de La Ligua (DOM) en octubre de 2015. Al iniciar las obras, la empresa debió rellenar sobre una parte del humedal costero “Los Molles” (zona inundable) para luego comenzar a construir los edificios, lo que posteriormente quedó en evidencia por las importantes inundaciones que ocurrieron en marejadas y sistema frontal de lluvias en 2020 y 2021. 

A raíz del permiso otorgado por la DOM, la junta de vecinos de “Los Molles” y la agrupación “Protege Los Molles” recurrieron a la justicia presentando un recurso de protección a la Corte de Apelaciones de Valparaíso con fecha octubre de 2015, contra el permiso de edificación, indicando que se trataba de un permiso ilegal dado que se afectan derechos constitucionales, tanto en la integridad física como el derecho a vivir en un medio ambiente libre de contaminación. Dicho recurso fue rechazado por la Corte de Apelaciones de Valparaíso, y los recurrentes no apelaron en la Corte Suprema, por lo que el condominio pudo concluirse a pesar a de las objeciones vecinales.

El segundo proyecto inmobiliario situado a orilla de playa y muy próximo a la desembocadura del humedal estuario, es el edificio “Paseo Costanera”, liderado por “RD Constructora SpA”. Este proyecto consistió en la construcción de un edificio de 6 pisos con 195 departamentos, aprobado por la DOM de La Ligua con fecha 22 de enero de 2019 y a su vez,el titular realizó consulta de pertinencia al SEIA en septiembre de 2021, el cual respondió que no requería ingresar a evaluación ambiental. La construcción fue paralizada el 30 de junio de 2021, después de un recurso de protección interpuesto por el “Colectivo Cabildo Ciudadano Los Molles”, logrando que la Corte de Apelaciones ordenara no innovar en el terreno. Los antecedentes entregados acusaban la saturación de la red de alcantarillado y el peligro de abastecimiento de agua dulce proveniente del humedal.

En el año 2022, la organización «Protege Los Molles» ingresó una querella criminal por Asociación Ilícita contra los funcionarios que permitieron la construcción de los edificios en la desembocadura. La querella criminal fue presentada contra inmobiliaria Lilén S.A., promotor inmobiliario de dos nuevos proyectos que se pretenden realizar en zona de playa contigua al humedal estuario, la compañía de aguas San Isidro, encargada de suministrar y gestionar la red de agua potable de Los Molles y autoridades regionales.  La querella denunciaba la usurpación y el daño de la Playa y Humedal Estuario de Los Molles, acusando delitos graves de parte de privados, y que existía la complicidad y omisión de autoridades y organismos del Estado.

Por otro lado, la Reserva “Puquén”, espacio protegido situado entre Los Molles y Pichidangui, declarada sitio prioritario de conservación por el MMA, que incluye una rica diversidad geológica, de especies de flora y fauna nativas y endémicas y lugares de alto valor arqueológico, se vio fuertemente amenazado por la modificación al Plan Regulador Intercomunal Satélite Borde Costero Norte de la Región de Valparaíso, que fue aprobada en 2014. El antiguo Plan Regulador clasificaba a la Reserva como zona de protección ecológica, mientras que la nueva propuesta declaraba 200 de 800 ha como “área verde”, y toda la superficie restante de la Reserva como suelo de “extensión urbana”.

Las agrupaciones vecinales de Los Molles advirtieron que tal cambio en el uso de suelo requería de un Estudio de Impacto Ambiental y que la tramitación del Plan Regulador fue irregular debido a que privados (propietarios del predio) de la Reserva influyeron en la modificación de este uso de suelo, mediante tráfico de influencia e injerencia desmedida con autoridades locales y consultora encargada de realizar el Plan Regulador. Los vecinos de Los Molles presentaron recursos de reclamación contra la aprobación de la Declaración de Impacto Ambiental de la actualización del Plan, los cuales no fueron admitidos. Sin embargo, los antecedentes fueron presentados a Contraloría, la que determinó rechazar el Plan Regulador en 2015.

Además, dentro de la modificada zona de protección ecológica, se encuentra el Cerro Santa Inés, el cual contiene especies representativas de bosque valdiviano, como las poblaciones de Olivillo (Aextoxicon punctatum).  El terreno del cerro fue comprado por Antofagasta Minerals, en el marco de planes de compensación ambiental por Minera Los Pelambres para crear un Santuario de la Naturaleza. No obstante, a los pies del cerro Santa Inés se comenzó un proyecto de parcelaciones privadas con fines habitacionales, llamado “Rocas del Mar”, donde vecinos acusan descepado y tala sin plan de manejo de especies con características valdivianas.